A mediados del siglo 14, se hallaba Viracocha, octavo monarca de los Incas, ocupado en la conquista del territorio de Charcas, habitado por los Chiriguanos.

Empeñada la campaña en batir tenaz resistencia de la provincia de Chichi, se presentaron ante él unos enviados del soberano de Tucma, ofreciéndole la sumisión de sus súbditos y la incorporación de sus estados al imperio de los Hijos del Sol.

El gran imperio de los incas, llamado Tawantinsuyu, se hallaba gobernado por Atahualpa, que había destronado y reducido a prisión al legítimo heredero del trono, su hermano Huáscar, o Cadena de Oro, cuando en los primeros días de 1531, se presentó en las costas del norte, una expedición de doscientos españoles, venidos de Panamá al mando de Francisco Pizarro.

Concluida de esa manera la expedición del descubrimiento de Chile, quedó autorizado Pizarro, por cédula real expedida en Monzón en 1537, para enviar a conquistar y colonizar el nuevo país.

Figuraba entre los oficiales de su ejército, uno llamado Pedro de Valdivia, que se había distinguido en la batalla de las Salinas contra Almagro; hombre de calidad y militar valiente, poseía hacienda en el valle de la Canela y una rica mina de plata en Charcas.

Los sucesos de Copiapó y de la Serena, obligaron al teniente-gobernador Francisco de Villagra a salir de Santiago con suficiente tropa para contener la insurrección de los indios del norte, cuyas consecuencias comenzaron a hacerse sentir en las tribus cercanas a la capital.

Por mar despachó a los capitanes Diego Maldonado y Esteban de Sosa, quienes desembarcados en la playa de Tongoy, atacaron a los indios de Coquimbo, mientras él recorría los demás valles sublevados, desbaratando los escuadrones de indígenas y obligándolos a refugiarse en las breñas de las serranías.

Resignados los naturales de Copiapó, a someterse a la dominación de los conquistadores, ya que, deshechos sus escuadrones, disminuidas las indiadas y sometidos a encomienda, se hacía enteramente imposible sacudir el yugo, resolvieron entregarse a una vida pacífica, labrando sus tierras a imitación de los colonos establecidos entre ellos: Pero encontrándose sin los recursos necesarios, comisionaron a los caciques Alonso Taquía y Martín para que se encaminasen a la Serena y solicitaran que viniera algún funcionario a Copiapó, a fin de hacerle presente las necesidades que los apremiaban.

Durante 150 años contados desde el establecimiento de los españoles, el pueblo de Copiapó arrastró una existencia miserable; solamente a principios del siglo 18, en que ocurrieron los descubrimientos de las minas de oro de las Ánimas, de Santo Domingo y de Jesús María, comenzó a tomar importancia, llegando mercaderes y mineros a establecerse en él, construyendo trapiches para la molienda de minerales, impulsándose el cultivo de las tierras del valle, desarrollándose el comercio y entrando la población en una vida nueva.

Tan pronto como el fundador de San Francisco de la Selva hubo concluido la delineación de la villa y la asignación de los solares a los vecinos del pueblo viejo, informó de ello al capitán general del reino, manifestándole la conveniencia de crear un cabildo y justicia para el mayor lustre y progreso de la nueva fundación.

Previo el dictamen favorable que al efecto emitió el fiscal de la Real Audiencia, el capitán general don José de Manso expidió el decreto de fecha 5 de febrero de 1745 por el cual erigía cabildo y justicia en la reciente villa, dotándolo de dos alcaldes ordinarios, uno de la Santa Hermandad, un alguacil mayor, dos regidores, un alférez real y un escribano.